ChIP实验原理：是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片段的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

1.细胞交联 Crosslinking

目的：通过甲醛交联将蛋白质与DNA结合固定，形成稳定的复合物。

步骤：向细胞培养基中加入甲醛（通常浓度为1%），孵育10-15分钟。加入甘氨酸终止交联反应。收集细胞，用预冷的PBS洗涤

2.细胞裂解 Cell Lysis

目的：裂解细胞，释放染色质

步骤：使用含有蛋白酶抑制剂的裂解缓冲液裂解细胞。

离心收集细胞核。

3.染色质打断 Chromatin Shearing

目的：将染色质打断成200-1000 bp的片段，便于后续免疫沉淀。

步骤：（注意打断后需通过琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪检测片段大小。）

超声打断：使用超声仪将染色质打断。

酶解法：使用微球菌核酸酶（MNase）消化染色质。

4.免疫沉淀 Immunoprecipitation, IP

目的：利用特异性抗体捕获目标蛋白-DNA复合物。

步骤：将染色质片段与目标蛋白的特异性抗体孵育（通常过夜）。加入Protein A/G磁珠或琼脂糖珠，捕获抗体-蛋白-DNA复合物。洗涤磁珠，去除非特异性结合。

5.解交联 Reverse Crosslinking

目的：释放DNA，便于后续分析。

步骤：加入含有蛋白酶K的解交联缓冲液，65℃孵育数小时或过夜。加热使蛋白质变性，释放DNA。

6.DNA纯化 DNA Purification

目的：纯化DNA，去除蛋白质和RNA。

步骤：使用酚-氯仿抽提或商业化的DNA纯化试剂盒。通过乙醇沉淀或离心柱法回收DNA。

7.DNA分析 DNA Analysis

目的：检测目标DNA片段。

方法：qPCR：定量检测目标DNA片段的富集程度。

测序（ChIP-seq）：高通量测序分析全基因组范围内的蛋白质结合位点。

ChIP实验的关键点：

抗体特异性：抗体的质量直接影响实验结果，需选择经过验证的高特异性抗体。

染色质打断：片段大小需控制在200-1000 bp，过大或过小都会影响免疫沉淀效率。

对照设置：包括Input对照、IgG对照等，确保实验结果的可靠性。

ChIP实验虽然步骤较多，但通过优化条件和选择合适的工具（如高效的DNA打断仪），可以显著提高实验效率和成功率。

传统超声打断法存在诸多痛点：

操作繁琐，耗时耗力：需要反复摸索超声条件，耗时长达数小时。

样本损失大，重复性差：超声过程中容易产生热量，导致样本降解，实验结果不稳定。

难以处理微量样本：传统方法对样本量要求高，难以满足微量样本的实验需求。

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②微量样本，轻松应对：可处理微量样本，满足各种实验需求。

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